เครื่องหมายมหาวิทยาลัย เป็นรูปวงกลม ตรงกลางประกอบด้วยวงกลมเล็กสี่วง ซึ่งเป็นสัญลักษณ์ของ มนุษย์วิทยาศิลป์ และศาสนา ด้านบนวงกลมมีข้อความว่า "มหาวิทยาลัยพายัพ" ด้านล่างมีข้อความว่า "สัจจะ - บริการ" หรือภาษาอังกฤษ "PAYAP UNIVERSITY" และ "TRUTH - SERVICE" อันเป็น ปณิธานของมหาวิทยาลัย
          สัญลักษณ์ประจำมหาวิทยาลัย คือ ดอกบุนนาค ( Mesua Ferrea Linn ) ซึ่งมีความหมายดังนี้

• ดอกบุนนาค
  • มีสีขาวบริสุทธิ์ ซึ่งเป็นสัญลักษณ์ของ ความสะอาด หมดจด คุณงามความดี
  • มีกลิ่นหอม ทำให้เกิดความพึงพอใจ เป็นสัญลักษณ์ของการขจายขจรชื่อเสียง
  • มีลักษณะเป็นรูปฉัตร ซึ่งเป็นสัญลักษณ์ของเกียรติศักดิ์อันสูงส่ง คือคุณค่าแห่งชีวิต
• ต้นบุนนาค
  • มีสรรพคุณทางรักษาโรค เป็นสัญลักษณ์การรักษาความเจ็บปวดทั้งกายและใจซึ่งหมายถึง ความรู้และสัจจะที่บัณฑิต ของ มหาวิทยาลัยพายัพได้รับควรจะเป็นยาที่สามารถรักษาความเจ็บป่วยของสังคม หรือผู้อื่น สามารถที่จะสมานน้ำใจของผู้มี ความทุกข์ยาก
  • เป็นต้นไม้ที่เลี้ยงยากที่สุด ต้องทะนุถนอมเป็นอย่างดีจึงจะเจริญเติบโตได้เป็นสัญลักษณ์ของการท้าชวนและท้าทาย