สำนักงานอธิการบดี
     สำนักงานอธิการบดี
     สำนักงานเลขานุการสภามหาวิทยาลัยพายัพ
     สำนักงานตรวจสอบภายใน

สำนักงานศาสนกิจ
     สำนักงานศาสนกิจ

ฝ่ายพัฒนาทรัพย์สิน
     หน่วยพัฒนาทรัพย์สิน
     สำนักจัดการอาคารสถานที่และบริหาร
     บ้านพักนานาชาติภราดรภาพ
     หอพักนักศึกษาหญิงอัลฟา และ หอพักนักศึกษาชายโอเมกา
     งานทรัพยากรบุคคล
     งานนิติการ

หน่วยยุทธศาสตร์การตลาด

ฝ่ายแผนงานและการเงิน
     สำนักแผนและพัฒนาคุณภาพการศึกษา
     สำนักบริการเทคโนโลยีสารสนเทศและโสตทัศนูปกรณ์
     สำนักบริหารการเงิน

ฝ่ายวิชาการและวิจัย
     สำนักวิจัยและบริการวิชาการ
     สำนักทะเบียนและบริการการศึกษา
     สำนักมาตรฐานและบริหารวิชาการ
     สำนักศึกษาทั่วไป
     ศูนย์เสริมความแกร่งด้านภาษา
     หอสมุด

ฝ่ายกิจการนักศึกษา
     สำนักกิจการนักศึกษา

ฝ่ายกิจการต่างประเทศ
     สำนักวิเทศสัมพันธ์
     ศูนย์แลกเปลี่ยนเรียนรู้ระหว่างประเทศ
     ศูนย์สร้างสรรค์บริการเพื่อสังคม

สถาบัน/ศูนย์
     สถาบันภาษาศาสตร์
     สถาบันคริสเตียนนิเทศสัมพันธ์
     สถาบันศาสนา วัฒนธรรมและสันติภาพ
     หอจดหมายเหตุมหาวิทยาลัยพายัพ
     ศูนย์พัฒนาทรัพยากรมนุษย์