สภาคริสตจักรในประเทศไทย มีความมุ่งมั่นมากกว่า ๕๐ ปี ที่จะจัดตั้งสถาบันอุดมศึกษาของคริสเตียน แต่ความตั้งใจดังกล่าวต้องหยุดชะงักลงด้วยสาเหตุหลายประการ จนในปี พ.ศ. ๒๕๑๒ เมื่อรัฐบาลออกพระราชบัญญัติเกี่ยวกับการจัดการศึกษาอุดมศึกษาของเอกชนโดยอนุญาตให้เอกชนจัดตั้งสถาบันการศึกษาระดับอุดมศึกษาได้ สภาคริสตจักรในประเทศไทยจึงรื้อฟื้นแนวความคิด ที่จะจัดตั้งสถาบันอุดมศึกษาขึ้นในปี พ.ศ. ๒๕๑๓ โดยยกฐานะของสถาบันการศึกษาเดิม คือ โรงเรียนพยาบาลผดุงครรภ์และอนามัยแมคคอร์มิค และโรงเรียนพระคริสต์ธรรมแมคกิลวารี ขึ้นเป็นสถาบันอุดมศึกษา มีการแต่งตั้งคณะกรรมการดำเนินการจัดตั้งวิทยาลัยเอกชนของสภาคริสตจักรในประเทศไทยขึ้น เพื่อให้เป็นผู้ดำเนินการในเรื่องนี้ จนในที่สุดได้รับอนุญาตจากรัฐบาลให้จัดตั้งเป็นวิทยาลัยพายัพ เมื่อวันที่ ๒๑ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๑๗ โดยเปิดสอนครั้งแรก ในระดับปริญญาตรี ๗ สาขาวิชา และระดับอนุปริญญา ๑ สาขาวิชา มีนักศึกษารุ่นแรกทั้งสิ้น ๑๘๙ คน มาจาก ๑๕ จังหวัด และต่อมหาวิทยาลัยพายัพก็ได้รับอนุญาตให้เปลี่ยนประเภทจาก “วิทยาลัย” เป็น “มหาวิทยาลัย” เมื่อวันที่ ๒๕ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๒๗ นับเป็นมหาวิทยาลัยเอกชนแห่งแรกในประเทศไทย

มหาวิทยาลัยพายัพ ใช้อักษรย่อว่า ม.พ.ย.
ภาษาอังกฤษใช้ชื่อว่า Payap University ใช้อักษรย่อว่า P.Y.U.

มหาวิทยาลัยพายัพ ได้รับการรับรองมาตรฐานการศึกษาจากทบวงมหาวิทยาลัย และคณะกรรมการข้าราชการพลเรือน (ก.พ.) ได้รับรองคุณวุฒิของผู้ที่สำเร็จการศึกษา จากมหาวิทยาลัยพายัพว่ามีศักดิ์และสิทธิ์เท่าเทียมกับผู้ที่สำเร็จการศึกษาจากสถาบันของรัฐทุกประการ